Die Marktgemeinde Magdalensberg wurde 1973 durch die Zusammenlegung der ehemaligen Gemeinden St. Thomas und Ottmanach begründet. Ursprünglich gab es in der ehemaligen Gemeinde St. Thomas am Zeiselberg drei Volksschulen (in St. Thomas, Timenitz und Pischeldorf) sowie eine in der ehemaligen Gemeinde Ottmanach.
Aufgrund sinkender Schülerzahlen und der politischen Bestrebung, kleinere Schulen zusammenzulegen, entstand 1969 die „Volksschule St. Thomas“ in Deinsdorf als zentrale Bildungseinrichtung. Im Laufe der Jahre wurden wichtige Erweiterungen vorgenommen, darunter der Bau eines Turnsaales 1995 und ein Hortzubau im Jahre 2000. Im Zuge der Generalsanierung im Jahre 2012 wurde die Schule umfassend saniert und mit modernen Einrichtungen wie z,B. Smartboards ausgestattet.
Im Schuljahr 2019/20 wurden die Direktionen und Standorte St. Thomas und Ottmanach zur „Volksschule Magdalensberg“ zusammengeführt. Der starke Zuzug im Gemeindegebiet führte jedoch zu Platzmangel und daher wurde im Zuge eines Architektenwettbewerbes 2022 ein Neubau mit sechs Klassenräumen, einer Musikschule, Mediathek und Mensa geplant und durchgeführt, um den wachsenden Anforderungen gerecht zu werden. Was 1997 mit einer Hortgruppe begann, zwischenzeitlich sogar mit sechs GTS-Gruppen einen Höhepunkt erlangte, entwickelte sich zu mittlerweile zu zwei GTS in verschränkter und drei GTS-Gruppen in getrennter Form.
Mit der Eröffnung des neuen Bildungszentrums in der Gemeinde im Jahr 2024 wurde ein wichtiger Meilenstein für die Region gesetzt. Der Neubau bietet in sechs neuen Klassenräumen Platz für den Vormittags- und Nachmittagsunterricht.
